PMII sepenuhnya berada di bawah naungan NU. PMII terikat dengan segala garis kebijaksanaan partai induknya, NU. PMII merupakan perpanjangan tangan NU, baik secara struktural maupun fungsional. Namun pemerintahan Orde Baru pelan tapi pasti mengkerdilkan fungsi partai politik, sekaligus juga penyederhanaan partai politik secara kuantitas, dan issue back to campus serta organisasi-organisasi profesi kepemudaan mulai diperkenalkan melalui kebijakan NKK/BKK. Karenanya PMII melalui Mubes ke-III di Murnajati 14 Juli 1972, PMII mencanangkan independensi, terlepas dari organisasi manapun (terkenal dengan Deklarasi Murnajati). Kemudian pada kongres tahun 1973 di Ciloto, Jawa Barat, diwujudkanlah Manifest Independensi PMII. Karena PMII sudah menyatakan independen, tak terikat lagi dengan NU maka keberadaannya sebagai badan otonom NU pun dihilangkan di ART NU. Baru pada Muktamar NU ke-33 tahun 2015 di Jombang PMII kembali masuk dalam daftar badan otonom NU, sebagaimana tercantum dalam ART NU Pasal 18 ayat (6) d.