Mengantisipasi akan dikeluarkannya Peraturan Presiden yang akan melarang organisasi/partai politik melakukan kegiatan dakwah dan sosial budaya pada tahun 1959 NU merubah Ma‘arif menjadi Badan Otonom agar tetap bisa menjalankan kegiatannya. Seperti diketahui saat itu NU sudah menjadi partai politik. Dalam Muktamar NU ke-19 tahun 1952 di Palembang diputuskan bahwa NU keluar dari Masyumi dan menjadi partai politik sendiri. Hal ini disebabkan oleh sikap eksekutif partai yang tidak lagi menganggap Majlis Syuro sebagai dewan tertinggi. Setelah keluar dari Masyumi dan menjadi partai politik yang berdiri sendiri itu, NU disibukkan dengan persiapan pemilihan umum pertama tahun 1955. Waktu yang dimiliki NU untuk bertarung dalam Pemilu 1955 relatif pendek jika dibandingkan dengan partai-partai besar lainnya. Namun demikian NU berhasil meraih 18,4 persen suara (45 kursi) di bawah Partai Nasional Indonesia (PNI) yang mendapatkan 22,3 persen suara (57 kursi) dan Masyumi yang memperoleh 20,9 suara (57 kursi).